Как указать пароль в качестве переменной для заархивированного файла?

Учитывая ограниченность информации в вашем вопросе и предполагая, что ваша bamtofastqкоманда — это эта из пакета bedtools, я пришел к следующему:

#!/bin/bash

bamfiles=(
    /path/to/file1.bam
    /path/to/file2.bam
    /path/to/file3.bam
)

for file in "${bamfiles[@]}"; do
    fname=$(basename "$file")
    fdir=$(dirname "$file")
    bedtools bamtofastq -i "$file" -fq "${fdir}/${fname%.bam}.fq"
done

Это предполагает, что вы хотите вручную передать все ваши bam-файлы в сценарий и хотите, чтобы файлы.fq находились в том же каталоге, что и соответствующий bam-файл. Если это не так, предоставьте дополнительную информацию, которая поможет нам более эффективно ответить на ваш вопрос.