Действительно ли это - хорошая практика для использования svn для двух различных приложений, но на том же сервере?
Не использовать dd. Это - немое животное, которое скопирует все в объеме, включая свободное пространство, и приведет к файловой системе с тем же UUID как оригинал, который может перепутать систему. Вместо этого используйте инструмент как partclone или ghost4linux или fsarchiver это может скопировать систему в сжатый файл изображения и пропустить свободные блоки.
Нет никакой проблемы с использованием двух или больше SVN repos на том же сервере. Если бы сервер разработки не мог бы разместить больше чем один SVN за один раз, который был бы серьезной тратой устройства хранения данных и денег.
При использовании SVN пароль не кэшируется на серверной стороне, но на компьютере. SVN является не сохраняющим состояние. Это означает, что на самом деле, Ваша локальная копия должна пройти проверку подлинности каждый раз, когда она делает доступ к Вашему repo. Но Ваш клиент может сохранить пароль на ограниченный срок так, чтобы Вы не должны были вводить его вручную каждый раз. В Вашем случае кажется, что хранение пароля для одного repo заставляет Ваш клиент SVN забыть о любом предыдущем пароле. Ничто неправильно об этом, но это может быть немного тревожащим.
Можно настроить способ, в котором SVN хранит пароли ~/.subversion/config получать больше контроля.