Как я могу создать fdupes из источника на Ubuntu?

Вашим описанием это похоже openbox пакет не работает правильно если menu пакет не установлен перед ним. Легкая фиксация была бы для него к Depend: на menu. Поскольку Openbox является легким менеджером окон, предназначенным для маленьких систем, которые не могут хотеть menu, было бы лучше исправить конфигурацию Openbox. Проверьте, можно ли воспроизвести эту проблему о нетронутой установке Openbox (сохраните конфигурационные файлы и произведите чистку пакета). Если Вы можете, проверьте средство отслеживания ошибки Debian, чтобы видеть, сообщили ли об этой проблеме и в противном случае сообщает об этом.