Как сконфигурировать my.cfg файл для mysql, который был установлен из источников?

Ваша корневая файловая система не является смонтированным чтением-записью, потому что Вы не говорите это.

UUID=2934c627-6f1a-438b-a877-1544108c7418 /               ext3 errors=remount-ro 0       1

Ваши опции монтирования только errors=remount-ro, нет ничего о чтении-записи там. Общепринятая практика состоит в том, чтобы иметь defaults в Ваших опциях монтирования. defaults предоставляет несколько других возможностей монтирования, один из них rw, таким образом обеспечение чтения-записи.

Таким образом, необходимо добавить также defaults или rw к полю опций Вашего fstab.

Править:
От размышления об этом немного больше (и из обсуждения в комментариях ниже), defaults и rw опции не могли бы зафиксировать его. Так как причина, то, что поведение перемонтирования совершенно зависит от init сценариев дистрибутива. Я видел, что дистрибутивы вытягивают настройки монтирования от fstab на начальной загрузке, но ее также возможный, что init сценарий полностью игнорирует fstab опции, когда это идет для перемонтирования корня (и использует некоторые трудные кодированные настройки в сценарии).