Не уверен, что это решит вашу проблему:
AddEncoding gzip svgz
Кроме того,.svgz уже является сжатым форматом, поэтому, вероятно, его не следует снова сжимать.
awk 'NR<3 { print; next; }; { split($2,a,"_"); print a[1] " " a[2] " " $3; }' file
Лучший инструмент для простых операций s/old/new для отдельных строк — sed:
$ sed 's/^[0-9]* \([^_]*\)_/\1 /' file
ID_1 ID_2 missing
0 0 0
fam1000 G1000 0
fam1001 G1001 0
fam1003 G1003 0
fam1005 G1005 0
fam1009 G1009 0
но в awk можно сделать:
$ awk '/^[0-9]/ && sub(/_/," ",$2){$0=$2 OFS $3} 1' file
ID_1 ID_2 missing
0 0 0
fam1000 G1000 0
fam1001 G1001 0
fam1003 G1003 0
fam1005 G1005 0
fam1009 G1009 0