Извлечь первые 1000 строк из zip-файла.

Как Марк Плотник прокомментировал , похоже, вы переставили строки в какой-то момент, добавив строку для ncbi-blast+после pgp5-gd, но забыли удалить &&в конце php5-gd, чтобы следующая строка продолжения содержала список другого пакета, а не заканчивала предыдущую команду. Команда в том виде, в каком она была у вас, запросила бы установку пакетов до php5-gd, после чего она попыталась бы выполнить ncbi-blast+, которая, предположительно, еще не была установлена, и, таким образом, выдала бы ошибку, после чего он , а не выполнил команду rm. Вместо этого используйте следующее:

RUN apt-get update  && apt-get install -y --no-install-recommends \
        libapache2-mod-perl2 \
        libcgi-pm-perl \
        php5-cgi \
        php5-mysql \
        libapache2-mod-php5 \
        php5-mysql \
        php5-gd \
        ncbi-blast+ && \
        rm -rf /var/lib/apt/lists/*