Форматирование Bash printf не работает

Просто используйте для строки, разделенной запятыми, продолжайте добавлять индекс ваших файлов к переменной и распечатывайте переменную

for((i=1; i<=30; i++))
do
    name="File${i}.exe"; [[ ! -e "$name" ]] && files="$files$i,"
done
echo $files | sed  s/,$//

Или вы можете сохранить значения в массиве/списке

arr=()
for((i=1; i<=30; i++))
do
    name="File${i}.exe"; [[ ! -e "$name" ]] && arr+=($i)
done
(IFS=, ; echo "${arr[*]}") #to print the array with comma as separator