Чтобы сохранить расстояние, вы можете сделать что-то вроде:
perl -pe '
if ($. > 1) {
$skip = 2;
s{ +\d+}{
--$skip > 0 || $& >= 25 ? $& : " " x (length($&) - 1). "0"
}ge
}' < file
Сжатый:
perl -pe'if($.>1){$s=2;s@ +\d+@--$s>0||$&>24?$&:" "x(length($&)-1)."0"@ge}' file