Чтобы игнорировать репозиторий:
dnf --disablerepo=<repoid>...
Это позволяет отключить репозиторий для одной команды. Точно так же можно использовать --enablerepo=<repoid>
для динамического добавления репозитория в вашу стандартную конфигурацию для выполняемой команды.
Вы также можете складывать список или репозитории для пропуска с помощью (, например):
dnf --disablerepo=fedora-modular,updates-modular...