Узел Debian Tor — не удается обновить до более новой версии.

Вы не делаете ничего плохого. Тот факт, что ваша система имеет версию 0.2.9.16 , говорит мне о том, что вы используете Debian 9 , а в Debian 9 установлена ​​только версия 0.2.9.16 Tor. Однако более новые версии были доступны в репозиториях бэкпортов ,и вы можете установить версию 0.4.1.6 оттуда:

echo deb http://deb.debian.org/debian stretch-backports main | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/stretch-backports.list
echo deb http://deb.debian.org/debian stretch-backports-sloppy main | sudo tee -a /etc/apt/sources.list.d/stretch-backports.list
sudo apt update
sudo apt -t stretch-backports install tor