Я не уверен, что вы имеете в виду, говоря, что команда маршрута перезаписывается конфигурацией. но вы можете использовать команду ip вместо (из пакета iproute *):
sudo ip route replace default via 192.168.1.1
sudo ip route flush cache
Обе команды управляют (просмотром/редактированием )записей таблицы маршрутизации.
Небольшой совет -вы можете настроить интерфейс Ethernet вручную без установки на нем шлюза по умолчанию (просто IP-адрес и ручной/динамический маршрутизация при необходимости ). Если это не вариант, вы можете настроить клиент dhcp чтобы отклонить опцию шлюза по умолчанию на этом интерфейсе (eth0 ).