Как может я scp файл, который не может считать мой пользователь, но я могу sudo?

Во-первых, не читайте строки с для, поскольку существует несколько неизбежных проблем с чтением строк через разделение слова.

Принятие файлов равной длины, или если Вы хотите только к циклу до короче двух файлов, читается, простое решение возможно.

while read -r x && read -r y <&3; do
    ...
done 

Соединение более общего решения трудно из-за когда read возвращает false и несколько других причин. Этот пример может считать произвольное число потоков и возврата или после самого короткого или после самого длинного входа.

#!/usr/bin/env bash

# Open the given files and assign the resulting FDs to arrName.
# openFDs arrname file1 [file2 ...]
openFDs() {
    local x y i arr=$1

    [[ -v $arr ]] || return 1
    shift

    for x; do
        { exec {y}<"$x"; } 2>/dev/null || return 1
        printf -v "${arr}[i++]" %d "$y"
    done
}

# closeFDs FD1 [FD2 ...]
closeFDs() {
    local x
    for x; do
        exec {x}<&-
    done
}

# Read one line from each of the given FDs and assign the output to arrName.
# If the first argument is -l, returns false only when all FDs reach EOF.
# readN [ -l ] arrName FD1 [FD2 ...]
readN() {
    if [[ $1 == -l ]]; then
        local longest
        shift
    else
        local longest=
    fi

    local i x y status arr=$1
    [[ -v $arr ]] || return 1
    shift

    for x; do
        if IFS= read -ru "$x" "${arr}[i]" || { unset -v "${arr}[i]"; [[ ${longest+_} ]] && return 1; }; then
            status=0
        fi
        ((i++))
    done
    return ${status:-1}
}

# readLines file1 [file2 ...]
readLines() {
    local -a fds lines
    trap 'closeFDs "${fds[@]}"' RETURN
    openFDs fds "$@" || return 1

    while readN -l lines "${fds[@]}"; do
        printf '%-1s ' "${lines[@]}"
        echo
    done
}

{
    readLines /dev/fd/{3..6} || { echo 'error occured' >&2; exit 1; }
} <<<$'a\nb\nc\nd' 3<&0 <<<$'1\n2\n3\n4\n5' 4<&0 <<<$'x\ny\nz' 5<&0 <<<$'7\n8\n9\n10\n11\n12' 6<&0

# vim: set fenc=utf-8 ff=unix ts=4 sts=4 sw=4 ft=sh nowrap et:

Таким образом, в зависимости от ли readN добирается -l, вывод также

a 1 x 7
b 2 y 8
c 3 z 9
d 4 10
5 11
12

или

a 1 x 7
b 2 y 8
c 3 z 9

Необходимость считать несколько потоков в цикле, не сохраняя все в несколько массивов не является всем этим распространенным. Если Вы просто хотите считать массивы, необходимо взглянуть на mapfile.