Скрипт в bash для сканирования папки, перемещения файла докера и его выполнения.

Вы можете использовать inotifywait. Пример скрипта:

#!/bin/bash

watchdir="$1"

if ! [ -d "$watchdir" ]; then
    echo "Dir $watchdir doesn't exist"
    exit 1
fi

while file=$(inotifywait --format "%f" -e 'create' -e 'moved_to' "$watchdir"); do
    if [ -f "$watchdir/$file" ]; then
        tmpname=$(tempfile -d "$watchdir")
        mv "$watchdir/$file" "$tmpname"
        mkdir "$watchdir/$file"
        mv "$tmpname" "$watchdir/$file/$file"
        # YOURCOMMANDS
    fi
done