Сохранить /run/user/$UID до перезагрузки

Обычный способ принудительного добавления пустого каталога в системах, игнорирующих пустые каталоги, — добавить скрытый файл в каждый такой каталог:

$ touch directoryname/.empty_dir
$ git add directoryname/.empty_dir
$ git push

С помощью gitвы можете использовать .gitignoreвместо .empty_dirвыше (, на самом деле подойдет любое имя, и единственная причина использовать скрытое имя файла — это избегайте его просмотра, когда вы перечисляете содержимое каталога с помощьюls).