Как запустить пакет deb после автоматической установки

Если вы знаете, сколько лет охватывают имена этих файлов, вы можете просто перебором -заставить их:

for year in {1996..2018}; do
    for month in {01..12}; do
        mkdir -p ${year}-${month}
        for filetype in nef xmp; do
            mv ${year}-${month}*.${filetype} ${year}-${month}/
        done
    done
done