Grep различных видов паттернов

Я бы не стал пытаться делать числовые сравнения с использованием регулярных выражений. Кроме того, поскольку -Bявляется глобальной опцией, вы также неизбежно получите строку перед шаблоном >>>.

Вместо этого вы могли бы сделать что-то подобное в awk:

$ awk '/>>>/ {print} />>tr/ {last = $0} $1+0 >= 35 {print last; print}' file
1>>>PROKKA_00001 Transcriptional regulator PadR-like family protein - 137 aa
>>tr|E5G076|E5G076_ARAHY Ara h 1 allergen OS=Arachis hyp  (619 aa)
37.3% identity
>>tr|E5G076|E5G076_ARAHY Ara h 1 allergen OS=Arachis hyp  (619 aa)
37.3% identity
>>tr|N1NG13|N1NG13_ARAHY Seed storage protein Ara h1 OS=  (626 aa)
37.3% identity
>>tr|A8VT50|A8VT50_ARADU Conglutin OS=Arachis duranensis  (160 aa)
44.8% identity
>>tr|A1YQB2|A1YQB2_BOVIN Alpha lactabumin (Fragment) OS=  (52 aa)
50.0% identity
>>tr|A5Z1Q8|A5Z1Q8_ARADU Ara d 2.01 OS=Arachis duranensi  (160 aa)
44.8% identity
>>tr|A8VT44|A8VT44_ARADU Conglutin OS=Arachis duranensis  (160 aa)
44.8% identity
>>tr|A8VT41|A8VT41_ARADU Conglutin OS=Arachis duranensis  (160 aa)
44.8% identity
2>>>PROKKA_00001 Transcriptional regulator PadR-like family protein - 137 aa
>>tr|E5G076|E5G076_ARAHY Ara h 1 allergen OS=Arachis hyp  (619 aa)
37.3% identity
>>tr|E5G076|E5G076_ARAHY Ara h 1 allergen OS=Arachis hyp  (619 aa)
37.3% identity

Преобразование $1 + 0процентных строк поддерживается, по крайней мере, gawkи mawk.