Заполнить пробелы соседними полями с условиями
gzipне создает блочные -сжатые файлы (подробности см. в RFC ), поэтому сам по себе он не подходит для произвольного доступа. Вы можете начинать чтение из потока и останавливаться, когда захотите, поэтому ваш пример curl -r 0-2024работает, но вы не можете выбрать поток в середине, если у вас нет дополнительного файла для предоставления недостающих данных (например, индексные файлы, созданныеgztool).
Чтобы достичь того, что вы пытаетесь сделать, вам нужно использовать какое-то блочное сжатие; напр. bgzip(, который создает файлы, которые могут быть распакованы простымgzip)или bzip2, и выполняет некоторую работу на принимающей стороне, чтобы определить, где лежат границы блока. Питер Кок написал несколько интересных постов на эту тему:BGZF -Заблокировано, больше и лучше GZIP! , Произвольный доступ к BZIP2?
Не уверен, что правильно понял ваш запрос, но как насчет
awk -F"\t" '
NR > 1 {i = 2
while (i<=NF) {if (!$i) {while (!$(++i)) ;
for (j=LAST+1; j<i; j++) $j = ($LAST == $i)?$LAST:"X"
}
LAST = i++
}
}
1
' OFS="\t" file
ID s577 s592 s598 s600 s612 s650 s700 s822 s825 s830 s840 s870
line0 A A A A A A A A A A A A
line1 B B B B X X X X NA X X B
line2 B X X A A A A A A A A A
Аннотированная версия по запросу:
awk -F"\t" '
NR > 1 {i = 2 # Don't work on the header line
while (i<=NF) {if (!$i) {while (!$(++i)) ; # check every field if empty and
# increment i while seeing empty
# fields; i now holds next non-
# empty field
for (j=LAST+1; j<i; j++) $j = ($LAST == $i)?$LAST:"X"
# fill the empty fields with "X"
# or last non-empty field's value
# depending on actual and last
# fields' values being equal or not
}
LAST = i++ # retain last non-empty field
}
}
1 # default action: print
' OFS="\t" file