Как выбрать строки из файла на основе условий другого файла?

Попробуйте также (принять во внимание «дыры» между диапазонами)

$ awk '
NR == FNR       {RGMIN[++IX] = $2 - 5000                        # from file2, create min and
                 RGMAX[IX]   = $2 + 5000                        # max range boundaries
                 next
                }
FNR == 1        {print                                          # print file1 header; don't process line further
                 next
                }
                {PR = 1                                         # set PRintout logical variable

                 for (i=2; i<=IX; i++)  PR = PR * ($2 < RGMIN[i] || $2 > RGMAX[i])

                                                                # reset PR to 0 if $2 inside any of the
                                                                # ranges; skip file2's header by starting
                                                                # loop at IX 2

                }
PR                                                              # print if outside ALL ranges
' file2 file1
Variant   Chromosome Position
Variant3    37000