Боюсь, вы не можете сделать это с экспортом. Он всегда будет устанавливать для отображения самое последнее значение, т.е. 2.0, как в приведенном вами примере.
Не проверено:
awk '
NR==1 { print; next }
NR==FNR { a[$1]=($1 in a ? a[$1] ORS : "") $0; next }
{ print a[$1] }
' file1 sorted.snps.txt