Есть ли инструмент сравнения графического интерфейса для проверки папок на двух машинах?

Нет, это невозможно, если пробелы не являются частью аргумента.

Команда получает доступ к отдельным аргументам из массива (в той или иной форме в зависимости от языка программирования ), и фактическая командная строка может быть сохранена в файле истории (, если она введена в интерактивной подсказке в оболочка, которая имеет файлы истории ), но никогда не передается команде ни в какой форме.

Все команды в Unix в конечном итоге выполняются одной из exec()семейства функций. Они принимают имя команды и список или массив аргументов. Ни один из них не принимает командную строку так, как она введена в приглашении оболочки. Функция system()делает это, но ее строковый аргумент позже выполняется функцией execve(), которая, опять же, принимает массив аргументов, а не строку командной строки.