Вопросы Теги

Цикл для запуска программы с использованием нескольких файлов из разных каталогов

master.er, top.fg и REPO.1 удаляются из текущего каталога (, который, вероятно, является вашим домашним каталогом ). Вы должны указать полный путь к каталогам.

1
23.09.2019, 23:50
2 ответа
#!/bin/sh

# Loop over the SAM files
for sam in sam/*.sam.sorted.sam; do
    # Extract the sample name by taking the basename of the SAM file
    # and removing the known filename suffix.
    sample=$(basename "$sam".sam.sorted.sam)

    # Call iRep (as described in the question)
    iRep -f Bins/"$sample"_bin.* -s "$sam" --sort -o "$sample"_iRep_output
done

Учитывая файлы в вопросе, это в конечном итоге будет запущено 

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.1.fa Bins/10000A-01-01_bin.2.fa Bins/10000A-01-01_bin.3.fa -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-02_bin.1.fa Bins/10000A-01-02_bin.2.fa Bins/10000A-01-02_bin.3.fa -s sam/10000A-01-02.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-02_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-03_bin.1.fa Bins/10000A-01-03_bin.3.fa Bins/10000A-01-03_bin.5.fa -s sam/10000A-01-03.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-03_iRep_output
1
27.01.2020, 23:30

При использовании GNU Parallel это выглядит так:

parallel --plus iRep -f Bins/{/...}_bin.* -s {} --sort -o {/...}_iRep_output ::: sam/*.sam.sorted.sam
1
27.01.2020, 23:30

Теги

Похожие вопросы