Запретить использование терминала пользователям без полномочий root

for name in./*.fastq.gz; do
    rnum=${name##*_}
    rnum=${rnum%%.*}

    sample=${name#*_}
    sample=${sample%%_*}

    cat "$name" >>"${sample}_$rnum.fastq.gz"
done

Это перебирает все сжатые файлы Fastq в текущем каталоге и извлекает имя примера в переменную оболочки sample. Для всех имен файлов, показанных в вопросе, это будет 102697-001-001.

Переменная rnumбудет содержать бит R#в конце имени файла.

Имя образца извлекается путем взятия имени файла и удаления всего до первого символа _включительно, а затем удаления всего после первого символа _включительно из этого результата. Аналогичным образом извлекается значение переменной rnum.

Затем файл просто добавляется в конец агрегированного файла с помощью cat >>. Имя выходного файла будет состоять из имени образца, R#и строки .fastq.gz. Для показанных файлов это будет 102697-001-001_R1.fastq.gz.

Сжатые файлы Gzip не обязательно распаковывать, чтобы объединить их. Распаковка полученного файла даст вам несжатую конкатенацию всех файлов Fastq.

Альтернативный способ сделать это с помощью bash, используя регулярное выражение для определения имени выходного файла:

for name in./*.fastq.gz; do
    if [[ "$name" =~ _([0-9-]+)_.*(..)\.fastq\.gz ]]; then
        outfile="${BASH_REMATCH[1]}_${BASH_REMATCH[2]}.fastq.gz"

        cat "$name" >>"$outfile"
    fi
done

Имя файла сопоставляется с регулярным выражением

_([0-9-]+)_.*(..)\.fastq\.gz

Две группы (битов в круглых скобках )будут выбирать для нас соответствующие части имени файла. Первая группа захватывает строку, которая состоит только из символов, которые являются либо цифрами, либо тире. Эта группа должна быть окружена _с обеих сторон. Единственное место в имени файла, которому соответствует этот бит, — это имя образца.

После первой группы и _после нее мы допускаем любое количество любых символов(.*)до бита (..)\.fastq\.gz. \.fastq\.gzбудет соответствовать строке .fastq.gzв конце имени файла, поэтому последняя группа (..),захватывает R1непосредственно перед этим (, шаблон .будет соответствовать любому символу, а \.будет соответствовать точке ).

Две захваченные группы сохраняются как индексы 1 и 2 в BASH_REMATCHмассиве (имя является сокращением от «Bash Regular Expression Match» ), и мы используем их при построении имени выходного файла.