Вопросы Теги

добавление столбцов в соответствующие строки путем сопоставления первых двух столбцов

Для пересборки perlбиблиотек из AURдля pacmanagerиспользую yaourt:

yaourt -S --asdeps perl-gnome2-gconf glade-perl perl-crypt-blowfish perl-gnome2-vte perl-expect perl-crypt-rijndael perl-gtk2-ex-simple-list perl-io-stty perl-io-tty perl-net-arp perl-yaml perl-crypt-cbc perl-gtk2-unique perl-socket6 uuid

так что просто замените библиотеки на те, которые вам дал pacman:

yaourt -S --asdeps gscan2pdf perl-filesys-df perl-config-general perl-data-uuid perl-goo-canvas perl-gtk2-ex-simple-list perl-gtk2-imageview perl-pdf-api2 perl-sane perl-set-intspan

Обновление 2018, дополнительное

Обновление perl 5.28в Arch означает, что вам нужно заново собрать все неподдерживаемые пакеты. Решение для исправления ошибок зависимостей состоит в том, чтобы удалить нарушающее приложение AUR perl, а затем удалить потерянные perlбиблиотеки и обновить систему :

. 
sudo pacman -Rns $(pacman -Qtdq)
sudo pacman -Syu

Наконец, переустановите приложение AUR perl.

Обновление 2019, дополнительное

С обновлением perl 5.30.0pacmanтеперь выдает предупреждения о старых perlбиблиотеках. На этот раз у меня было большое обновление, и мне нужно было сделать следующее:

sudo pacman -R $conflicting_perl_mod_&_app
sudo pacman -Syu
# pacman now generates a warning for unused perl libs
pacman -R $(pacman -Qqo '/usr/lib/perl5/5.28')
pacman -S $perl_app
# optional remove orphaned packages
sudo pacman -Rns $(pacman -Qtdq)
sudo pacman -Syu
0
21.11.2019, 01:45
1 ответ

Использование табуляции в качестве разделителя полей вывода будет работать с любым awk в любой оболочке на каждом компьютере UNIX:

$ cat tst.awk
BEGIN { OFS="\t";  }
FNR==1 { fileNr++ }
{
    key = $1 OFS $2
    if (NR == FNR) {
        keys[++numKeys] = key
    }
    else {
        sub(/([^[:space:]]+[[:space:]]+){2}/,"")
        $1 = $1
        vals[key,fileNr] = $0
    }
}
END {
    for (keyNr=1; keyNr<=numKeys; keyNr++) {
        key = keys[keyNr]
        printf "%s", key
        for (fileNr=2; fileNr<ARGC; fileNr++) {
            printf "%s%s", OFS, vals[key,fileNr]
        }
        print ""
    }
}

. 

$ awk -f tst.awk file1 file2 file3 file4
NW_1234 23      C       0:0:32:0:0:0    42:0:0:0:0:0    DOCK    intron_region
NW_1234 29      C       0:0:28:0:0:0    0:28:0:0:0:0    DOCK    intron_region
NW_1234 778     C       0:54:0:0:0:0    0:0:53:0:0:0    DOCK    intron_region
NW_456  44      G       0:0:0:45:0:0    59:0:0:0:0:0            intergenic
NW_987  75      G       0:0:0:60:0:0    55:0:0:0:0:0            intergenic
NW_987  98      C       0:0:63:0:0:0    0:42:0:0:0:0    TFEC    intron_region
NW_5000 105     G       0:0:71:0:0:0    0:50:0:0:0:0    MIN     intron_region
NW_5500 37      G       0:0:0:54:0:0    55:0:0:0:0:0    LIPG    intron_region
NW_5500 900     A       43:0:0:0:0:0    0:0:0:37:0:0    MYC     intron_region

Чтобы пробелы были пустыми, (гораздо менее полезно для дальнейшего синтаксического анализа инструмента )просто направьте кcolumn:

$ awk -f tst.awk file1 file2 file3 file4 | column -s$'\t' -t
NW_1234  23   C  0:0:32:0:0:0  42:0:0:0:0:0  DOCK  intron_region
NW_1234  29   C  0:0:28:0:0:0  0:28:0:0:0:0  DOCK  intron_region
NW_1234  778  C  0:54:0:0:0:0  0:0:53:0:0:0  DOCK  intron_region
NW_456   44   G  0:0:0:45:0:0  59:0:0:0:0:0        intergenic
NW_987   75   G  0:0:0:60:0:0  55:0:0:0:0:0        intergenic
NW_987   98   C  0:0:63:0:0:0  0:42:0:0:0:0  TFEC  intron_region
NW_5000  105  G  0:0:71:0:0:0  0:50:0:0:0:0  MIN   intron_region
NW_5500  37   G  0:0:0:54:0:0  55:0:0:0:0:0  LIPG  intron_region
NW_5500  900  A  43:0:0:0:0:0  0:0:0:37:0:0  MYC   intron_region
1
28.01.2020, 02:38

Теги

Похожие вопросы