Вы можете произвести замену с помощью awk. Замените:

attendees=$( awk 'BEGIN { RS = "|" } NR == 1 { print }' $file )

с

attendees=$( awk 'BEGIN { RS = "|" } NR == 1 { print gensub("\n", "<br />", "g") }' $file )

Сделайте то же самое для agendaи lscrm. Если вы используете GNU awk и вам не нужны начальная и/или конечная <br>, вы можете поиграть с RS:

attendees=$( awk 'BEGIN { RS = "\n*\\|\n*" }...' $file )