Пробовал и работал как шарм.
ssh -p 222 user@server "nohup./remote_run.sh"
и в удаленном _run.sh
some_command &
sleep 10000
ps -aux | grep "[r]emote_run.sh" | awk '{print $2}' | xargs kill -9
#killed
Очевидно, сначала скрипт передается на удаленный хост.:)