Использовать Timeshift или аналогичный для синхронизации/резервного копирования произвольных местоположений?

Вы должны решить, хотите ли вы эту обработку внутри (, например rsyslog), или вне скрипта. Если хочешь

./my_script.sh./*.conf

для работы необходимо адаптировать скрипт так, чтобы он принимал несколько параметров. Что-то вроде

for config_file; do
   . "$config_file"
done

Либо вы жестко -кодируете, либо каким-то образом передаете директорию с этими файлами:

for config_file in /path/to/configs/*.conf; do
   . "$config_file"
done