Проблема с Windows на новом Openbox

Если вы просто хотите предотвратить изменение/удаление файлов или каталогов, просто установите для них неизменяемый флаг.

chattr +i <file>

Даже root не сможет ничего с ними сделать, пока флаг не будет снят. Также можно использовать систему контейнеров/пространств имен для предотвращения корневого доступа, но это кажется излишним для того, что вам нужно.