Обновить определенное значение одного файла значениями в другом текстовом файле

POSIXly (за исключением команды zip, очевидно):

find. -path./s3 -prune -o -type d -name data -exec sh -c '
   for dir do
     (cd "$dir" && zip -r Archive.zip.)
   done' sh {} +

Или сzsh -o extendedglob:

for dir (./**/data~*/s3/*(/N)) (cd $dir && zip -r Archive.zip.)

Или, если вы не хотите рекурсивно искать папки data:

for dir (./^s3/data(/N)) (cd $dir && zip -r Archive.zip.)

Или, чтобы быть еще более конкретным (здесь нет необходимости extendedglob):

for dir (s[124]/data(/N)) (cd $dir && zip -r Archive.zip.)