Я полагаю, что Вы после чего-то вроде этого?
$ perl -n -e 'foreach ${k} (split(/\s+/)){++$h{$k}};END{foreach $l (keys(%h)){print "$h{$l}: ${l}\n"}}' /path/to/your/file | sort -n -k 1
конечно, можно сделать то же с awk
также :)
Если Вы хотите выдержать сравнение на основе имени файла затем, можно использовать ниже:
find folder1/ folder2/ -type f -printf %f"\n" | sort | uniq -c | \
awk '( $1 >= 2 ) {print "mv -vf folder1/"$2,"other_dir/","&&","mv -vf folder2/"$2,"other_dir/"}'
это будет просто команда печати на терминале, это не выполнит это, если Вы будете видеть, что вывод является надлежащим, затем просто добавляют | sh
в последнем затем это выполнит ту команду