В стандарте POSIX (IEEE Std 1003.1 )ничего не говорится о том, что такое индексный дескриптор. Это просто деталь реализации, которая выходит за рамки стандарта.
Скобки указывают, что пакет поддерживает этот USE-флаг -, но по какой-то причине вы не можете изменить его значение с вашим текущим профилем настройки (, архитектурой,... ). Здесь есть довольно хорошая ссылка на вывод emerge:http://wikigentoo.ksiezyc.pl/HOWTO_Use_Portage_Correctly.htm#USE_Flags