Скопируйте только несколько папок с полной структурой с помощью rsync
Подавляющее большинство инструментов управления пакетами в Debian, включая Apper и Software Center, в конечном итоге используют предоставленныеapt-реализации реальных операций управления пакетами, поэтому все, что интегрируется с apt(, например rkhunter), будет интегрироваться с Apper и Software Center и другими подобными инструментами.
Говоря более подробно, и Apper, и Software Center полагаются на PackageKit для получения информации о пакетах и выполнения установки, удаления пакетов и т. д.; в Debian PackageKit использует библиотеки apt.
(Когда я говорю «подавляющее большинство» выше, я проявляю педантичность — исключениями являются такие инструменты, как rpm, которые доступны в Debian, но которые вы не можете использовать для управления пакетами в системе Debian. На практике вы можете считать, что все инструменты управления пакетами в Debian работают правильно.)
Ответ на проблему сильно зависит от , с какими параметрами вы на самом деле вызывали rsync.
Обратите внимание, однако, что если вы укажете --files-from, то вам придется явно добавить флаг -rдля рекурсивного копирования содержимого каталога и подкаталога, потому что --files-fromизменяет поведение по умолчанию rsync(в особенно вариант -a, который при нормальных обстоятельствах подразумевает-r).