Проблема использования 'sed' для редактирования кода

Один из аргументов во второй строке — i%a. Это не будет соответствовать вашему регулярному выражению, потому что вы не включили %в свой класс символов [-a-zA-Z 0-9./*+]. Попробуйте

sed 's/oldmethod(\([-a-zA-Z 0-9./*+%]*\),\([-a-zA-Z 0-9./*+%]*\))/newmethod(\2, 0, \1)/'

Вы можете найти дополнительные экземпляры, использующие другие символы, которые вы не рассматривали, такие как _в именах переменных или (и )во вложенных вызовах других функций. Вам придется продолжать расширять подвыражение по мере того, как вы сталкиваетесь с таким использованием.

Более общая возможность:

sed -E 's/old([^,]*\()([^,])*, ([^)]*)\);/new\1\3, 0, \2);/' file

Выход:

for(int i=0; i<newmethod(7, 0, a); i++) {
  sum += newmethod(i%a, 0, b*b+i-3);