вычислить общее количество md5 конкретных файлов совпадений

Не знаю, к чему вы здесь стремитесь... но похоже, что вы хотите, чтобыawk(илиcut)после grepвыводили только суммы. Но тогда контрольная сумма контрольных сумм, чтобы убедиться, что у вас есть все файлы? Это тот конечный результат, который вы хотели?

Кстати, я почти уверен, что glob md5sum *возвращает случайный порядок, так что вы, вероятно, хотите, чтобы sortбыл где-то там, чтобы гарантировать, что он один и тот же каждый раз и повторяется на разных машинах.