Конфигурация сети Connman для интерфейса по умолчанию

Вы можете использовать цикл for и подстановку по расширению имени файла:

for file in *.fna; do
    clustalw -align -infile="$file" -outfile="$file.aln"
done

Если вы хотите использовать одну команду, вы можете использоватьfind:

find. -maxdepth 1 -type f -iname "*.fna" -exec clustalw -infile {} -outfile {}.aln  \;