возможно, немного поздно, но проверьте файл конфигурации zathura (man zathurarc )мне хватило варианта set adjust-open "best-fit"
:)хорошего дня
Предполагая, что каталоги не являются вложенными, выполните цикл по каталогам и проверьте наличие файла в каждом каталоге.
for d in */; do
if ! [ -e "$d/20190916.file.gz" ]; then
echo "Missing $d/20190916.file.gz"
fi
done