Как устанавливается MESSAGE_ID в journalctl?

Предполагая, что в CT.txt есть записи одна/строка, тогда цикл whileлучше подходит для вашей задачи:

while IFS= read -r CITY; do
   FILES=/mnt/dir1/dir2/$CITY
   echo "$FILES"/*
done < /home/user/CT.txt

Цикл forплохо -для этого подходит, однако его все же можно заставить работать:

# set the input field separator to newline and disable globbing
IFS=$'\n';set -f
for CITY in $(< /home/user/CT.txt); do
   FILES=/mnt/dir1/dir2/$CITY
   echo "$FILES"/*
done