получить все строки из второго файла, совпадающие со значениями определенного столбца в первом файле

Похоже на идею для команд UNIX, сначала нужно отсортировать:

cat 1|sort > 1.sort
cat 2|sort -t, -k2  > 2.sort
join -t, -2 2 1.sort 2.sort

Я только что сделал тебе домашнее задание?

Я делаю много предположений о том, что вы на самом деле хотите, но это дает желаемый примерный результат. Так что, возможно, моя интерпретация вопроса верна:

awk 'NR==FNR{a[$2]=$0; next} {print $0,a[$1]}' FS=, OFS=, file2 file1