perl -F'\h+|[-.:]' -lane '
   $h[keys %h]=$F[0] unless $h{$F[0]};
   $h{$F[0]}[$_-1] += $F[$_] for 1..$#F}{for ( @h )
   {
      my @Arefs = map { \$_ } my($days, $hrs, $mins, $secs, $msec) = @{$h{$_}};
      while ( $msec >= 1000 ) { $secs++; $msec -= 1000; }
      while ( $secs >=   60 ) { $mins++; $secs -=   60; }
      while ( $mins >=   60 ) { $hrs++;  $mins -=   60; }
      while ( $hrs  >=   24 ) { $days++; $hrs  -=   24; }
      print $_, sprintf " %d-%02d:%02d:%02d.%03d", map $$_, @Arefs;
   }
' text.file

perl -F'\h+|[-.:]' -lane '
   $h[keys %h]=$F[0] unless $h{$F[0]};
   $h{$F[0]}[$_-1] += $F[$_] for 1..$#F}{for ( @h )
   {
      use integer;
      my @A = @{$h{$_}};
      $A[0] += ($A[1] += ($A[2] += ($A[3] += $A[4]/1000)/60)/60)/24;
      $A[4] %= 1000; $A[3] %= 60;$A[2] %= 60; $A[1] %= 24;
      print $_, sprintf " %d-%02d:%02d:%02d.%03d", @A;
   }
' text_file

Результаты

aaa 1-21:27:26.255
bbb 5-11:15:04.433

Пояснение

• Разделитель полей устанавливается для разделения миллисекунд, секунд, минут, часов, дней и первого ключа поля.
• Входная строка разбивается и сохраняется в массиве @Fс элементами :$F[0] -> клавиша (aaa/bbb/и т. д. )$F[1] -> дни, $F[2] -> часы, $F[3] -> минуты, $F[4] -> секунды, $F[5] -> миллисекунд.
• Хэш-ключи по самой своей природе доступны не в том порядке, в котором они были созданы, поэтому у нас есть массив @h, элементы которого являются хэш-ключами %hв том порядке, в котором они были просмотрены.
• Хэш %hсоставляется следующим образом:

%h = (
    aaa => [ days, hours, minutes, seconds, milliseconds ],
    bbb => [                   ...                      ],
   ... 
 );