If so, what's the problem?
Это выглядит так, как будто вы убиваете процесс gpsdecode, который был чтением вывода gpscat. Когда он перестал читать, выходной буфер для gpscat заполнился. Когда сигнал уничтожения попал в процесс gpscat, python попытался закрыть непустой выходной дескриптор -, но это не удалось с этим сообщением, как видно из связанных вопросов и ответов о переполнении стека.
Чтобы избежать этой конкретной ошибки, вы можете попробовать завершить процесс gpscat вместо процесса gpsdecode.