Почему моя команда sed печатает заголовок ps?

Потому что s/pattern/replacementничего не делает, если patternне совпадает, а sedпо умолчанию печатает пространство шаблонов. Если вы хотите напечатать только результат замены, добавьте-n(для подавления печати по умолчанию )иp(для печати пространства шаблона после успешной замены):

ps | sed -n -E "s/\s*([[:digit:]]+)\s+.*/\1/p"

Вы можете указать psвыводить только PID, поэтому постобработка не требуется:

ps -opid=

(Это, скорее всего, выведет на один результат меньше, так как psне будет включать процесс sed.)