Как отлаживать скрипт в логах для скрипта оболочки?

К сожалению, не похоже, чтобы это был простой путь. Однако получить список вторичных групп для пользователя, разделенных запятыми, несложно :

pw usershow $user -P | grep Groups: | cut -w -f 3  

Вы можете легко повторить это и использовать:

pw groupmod $group -d $user