bash для создания подкаталогов в папке из файлов с определенным расширением

Проблема со следующей строкой:

 bam=$(find. -type f -name "*.bam")   # extract.bam
 sample="$(echo $bam|cut -d_ -f3-)" # remove before second underscore

Модификации:

Это можно сделать одной строкой:

i=$(find. -type f -name "*.bam" -print | while read f;do echo "$f" | cut -d_ -f3-;done| cut -f 1 -d '.') ## To take the file names and then cut.

, а затем добавить цикл for, чтобы сделать каталог:

for x in $i
        do mkdir -p $DIR/$x
        done

Окончательный сценарий:

DIR=/home/vvek/MyLearning/Linux/bam/   ## define data directory path
cd "$DIR" || exit 1  # check directory exists or exit
for RDIR in R_2019* ; do  ## start processing matching "R_2019*" to operate on desired directory and expand
 cd "$RDIR"/BAM   ## change directory to subfolder inside $RDIR
i=$(find. -type f -name "*.bam" -print | while read f;do echo "$f" | cut -d_ -f2-;done| cut -f 1 -d '.')  # extract.bam

for x in $i
        do mkdir -p $DIR/$x
        done
done  ## close loop