Как увеличить лимит открытых файлов для конкретного пользователя?

Я не уверен на 100%, что вы имеете в виду:

But the values from the tomcat.env file do not get sourced into the shell running the catalina.sh script.

Но если вы ожидаете, что родительская интерактивная оболочка , из которой вы выполняете catalina.sh, будет иметь источник переменной в этой родительской оболочке, то я рискну предположить, что да, ваше "понимание источника неверно".

Когда вы выполняете сценарий оболочки, такой как catalina.sh, и внутри catalina.shвы используете другой файл, переменные (и т. д.), установленный в этом исходном файле, повлияет на среду в скрипте catalina.sh, но не повлияет на среду родительской оболочки, из которой вы выполнили catalina.sh.

Если вам нужно, чтобы эти значения влияли на родительскую оболочку, вам нужно либо:

1. Источник catalina.sh, а не выполнение, или
2. Источникsetenv.sh/ tomcat.envпрямо из вашей интерактивной оболочки.