Сценарии:

1. Каталог aсуществует, но bнет`:

   cp -a "$HOME"/a "$HOME"/b
   

   скопирует весь каталог aв новый каталогb

2. Каталоги aи bсуществуют:

   cp -a "$HOME"/a "$HOME"/b
   

   скопирует каталогaв каталог b. В результате вы получите каталог "$HOME"/b/a.

3. Каталоги aи bсуществуют:

   cp -a "$HOME"/a/* "$HOME"/b
   

   скопирует содержимое изaв каталог b, но исключит скрытые файлы и каталоги. Хотя у некоторых оболочек есть несколько опций для их включения, здесь лучшим подходом будет:

   cp -a ~/a/. ~/b/
   

Как я понимаю, вы этого и хотите.

cpсоветы по безопасности:

копирование каталога

Каталоги a и b существуют:

cp -a a b/
cp -a -t b a

скопирует каталог a внутрь каталога b

Каталог a существует, но b нет:

cp -a a b/
cp -a -t b a

создаст понятное сообщение об ошибке

копирование файла

Каталог b существует

cp -T a b

создаст понятное сообщение об ошибке

Каталог b не существует

ср -Т а б скопирует файл в b

Обратите внимание, что не все версии cp/mv/ln имеют параметры -tили -T, но все позволяют /гарантировать, что bявляется каталогом. Если у них нет этих параметров, то невозможно гарантировать, что bне является существующим каталогом.