Используя GNU sed
для простоты написания кода, мы можем сделать это следующим образом:
sed -Ee '
$!N
s|^(\S+\t\S+\t)(\S+)(\t\S+\t\S+\t\S+)(\n)\1(\S+)\3$|\4\1\2/\5\3|
/^\n/!P;D
' yourfile
1 109860777 COSN18724706 CT C SORT1
1 154842199 COSM3685920/COSM5827506 G GGCTGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCTGCT KCNN3
1 1684347 COSM1320773/COSM1320774/COSM5827581 C CCCT NADK
1 248801602 COSM246232 T TCA OR2T35
GNU sed
с опцией -E
, чтобы активировать расширенные RE.