Замените двойные кавычки вокруг определения псевдонима на одинарные, и все готово.
alias cdlatest='latestdir=$(ls -td -- */|head -n 1); cd $latestdir'
Тем не менее, я бы предложил несколько рационализировать:
alias cdlatest='cd "$(\ls -td -- */|head -n 1)"'
где мы убираем промежуточную переменную "$latestdir", цитируем результаты оценки команды $ (... )и используем форму ls без псевдонимов.
Но вы должны помнить, что это не будет работать с файлами с новой строкой в их именах.