El problema era que el modificador de mi mouse impedía el atajo de teclado.
Agregar --clearmodifiers
al comando xdotool
soluciona esto:
# Raise window
"xset r off; xdotool key --clearmodifiers Super+F1; xset r on;"
Alt + b:7
# Lower window
"xset r off; xdotool key --clearmodifiers Super+Shift+F1; xset r on;"
Alt + b:6