$ column -t -s, file | sed 's/^\([0-9]*\)\( *\)/\2\1,/'
120,900
1160,001
80,730
600,165
6,310
1111,203
La salida column
será
120 900
1160 001
80 730
600 165
6 310
1111 203
y el comando sed
simplemente mueve los espacios entre las dos columnas al comienzo de la línea e inserta la coma en su lugar.
Si no desea los dos espacios adicionales iniciales, utilice
$ column -t -s, file | sed -e 's/^\([0-9]*\)\( *\)/\2\1,/' -e 's/^ //'
120,900
1160,001
80,730
600,165
6,310
1111,203