между двумя файлами (значения в файле 1, которые попадают в диапазон значений в файл 2)

Sus opciones al compilar se interpretan como comandos, por lo que dice command not found. Lo más probable es que no esté escapando de una nueva línea, por lo que el shell cree que la opción en la siguiente línea es un comando para ejecutar.

Esta nueva línea en su ejemplo no se escapa correctamente:

./configure --conf-path=/etc/nginx/nginx.conf \
--add-module=../naxsi-${latestNaxsi}/naxsi_src/ \

--with-cc-opt='-g -O2 -fdebug-prefix-map=/b