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En mi caso, en Ubuntu 14.04, descubrí que el directorio en el que se suponía que se iba a crear el archivo htpasswdno existía. Simplemente crear la carpeta y cambiar la propiedad a Nagios hizo el truco. Tenga en cuenta también que el mismo problema afectó la creación del archivo de configuración, por lo que podría ser necesario ejecutar make install-configantes de reiniciar Nagios:

$ ls -al /usr/local/nagios/
total 28
drwxr-xr-x  7 root   root   4096 May 30 20:34.
drwxr-xr-x 11 root   root   4096 May 30 20:34..
drwxrwxr-x  2 nagios nagios 4096 May 30 20:34 bin
drwxrwxr-x  2 nagios nagios 4096 May 30 20:34 libexec
drwxrwxr-x  2 nagios nagios 4096 May 30 20:34 sbin
drwxrwxr-x 14 nagios nagios 4096 May 30 20:34 share
drwxrwxr-x  5 nagios nagios 4096 May 30 20:34 var

$ sudo mkdir /usr/local/nagios/etc
[sudo] password...
$ sudo chown -R nagios:nagios /usr/local/nagios/etc
$ sudo htpasswd -c /usr/local/nagios/etc/htpasswd.users nagiosadmin
New password:

$ sudo service nagios start
Configuration file /usr/local/nagios/etc/nagios.cfg not found. Exiting.
$ sudo make install-config
/usr/bin/install -c -m 775 -o nagios -g nagios -d /usr/local/nagios/etc
/usr/bin/install -c -m 775 -o nagios -g nagios -d /usr/local/nagios/etc/objects
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/nagios.cfg /usr/local/nagios/etc/nagios.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/cgi.cfg /usr/local/nagios/etc/cgi.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 660 -o nagios -g nagios sample-config/resource.cfg /usr/local/nagios/etc/resource.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/templates.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/templates.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/commands.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/commands.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/contacts.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/contacts.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/timeperiods.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/timeperiods.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/localhost.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/localhost.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/windows.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/windows.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/printer.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/printer.cfg
/usr/bin/install -c -b -m 664 -o nagios -g nagios sample-config/template-object/switch.cfg /usr/local/nagios/etc/objects/switch.cfg

*** Config files installed ***

Recuerde, estos son archivos de configuración SAMPLE . tendrás que leer la documentación para obtener más información sobre cómo definir realmente servicios, anfitriones, etc., para satisfacer sus necesidades particulares.

$ sudo service nagios start
Starting nagios: done.